Për etimologjinë e toponimit Kukës deri tani njohim versione të shprehura mes një legjende, katër gojdhënave dhe pesë studiuesve.
Legjenda
Një grua e mbetur vejushë mezi ushqente veten dhe fëmijën e saj që i kishte mbetur mbas vdekjes së burrit. Një ditë, e ngushtuar, del nga shtëpia për të kërkuar bukë për vete e një pikë qumësht për ferishten, për t’ia fashitur urinë e shpëtuar jetën. E dëshpruar nga që nuk gjeti asgjë përfundoi në valët e Drinit.
I mbetur vetëm, i biri shndërrohet në qyqe, që fluturonte muriz më muriz e ah më ah, duke lëshuar kukamën e dhimbshme drejt shekujve ‘Kuku, këz’. Prej kësaj britme thuhet e besohet se i ka mbetur emri Kukës, në themelet e të cilit qenka flijuar një nënë për të birin e saj.
Gojdhënat
Kur venbanimi ishte i formuar, një vajzë e rritur, për arsye që nuk dihen kishte guxuar të dalë e të kalojë në vende publike. Burrat fanatikë të habitur e të tronditur nga ky akt, njëzëri nxorrën britmën: ‘Kuku këz’ (Kuku vajza nga turqishtja), në kuptimin: ‘kuku për ne, ç’ kohë paska ardhë të dalë vajza në vende publike dhe para burrave’. E prej kësaj kohe, kjo britëm iu ngjitë e i mbeti si emër venbanimit.
Edhe pse nuk lidhet me Kukësin, por me vaun pranë tij, po sjellim në vëmëndje, versionin e Pjetër Mazrekut (1633). Në ujrat gojdhanore janë edhe Nusret Efendia (vitet ’40 të shek XX) me Riza Spahiun (Mësues i Merituar) diçka më vonë.
Për të parin Vau i Kukit (al quado di Cucchi) quhet kështu nga familja me të njejtin emër (të ardhur prej Italie) që banon, ku piqen dy lumenjtë e sipërthënë dhe në vende tjera afër Prizrenit.
I dyti toponimin ‘Kukës’ e lidhë me një ‘Ku kje = ku qe?’ togëflajësh fjali pas një përngjitjeje. Sipas të tretit, emri Kukës vjen nga dy shtëpi që paskan ndodhë aty qysh përpara me emrin kuksa dhe që u përzunë nga Bicajt. Këto dy shtëpi që ishin nga katundi Shëmrisë (Malëzi), ikën në vendin e tyne.
Studiuesit
Shefqet Hoxha (1998), pas një vështrimi kritik të gjithë versioneve, duke iu referuar Pjetër Mazrekut, arrin në përfundimin se më e pranueshme është lidhja e emrit Kukës me patronimin ‘Kuka’, por me burim vendas.
Bep Jubani (1975), prejardhjen e emrit Kukës e sheh te një ‘QUEIKEIS’ (UJKIS), vulë pitosash të gjetur në kalanë e Pecës (në këndin e takimit të lumit Luma me Drinin e Bardhë), ku përpiqet të identifikojë rrënjën ‘ujk, ulk’, një nga glosat më të njohura të fondit ilir që ka mundur të trashëgojë shqipja.
Elena Paço (1982) Kukës e përqas me toponimin ‘Kuskulis’ të shënuar në veprën ‘De aedificis’ të Prokopit të Cezares.
Nazif Dokle (1995) e lidhë me një ‘Cuercus’ (nga latinishtja bungajë, masiv lisi) që mes transformimeve fonetike sipas ligjësive të shqipes ka dhënë Kukus më pas Kukës.
2010, duk i ikur mendimit të parë, etimologjinë e emrit Kukës e sheh te transformimi Cursus (marrë nga cursus publicus, emërtim i postës së vjetër romake që përcillte kasnecë e nënpunës)-Kukus-Kukës
Luan Përzhita’ (2004) pasi kumton se kohët e fundit, është hedhur ideja se ky stacion duhet kërkuar pikërisht në vendin e bashkimit të Drinit të Bardhë me atë të Ziun (Kukës), në mbështetje të kësaj ideje, shprehet se mungesa e përshtatjes etimologjike në mes të Kukësit dhe Gabuleut mund të shpjegohet me faktin se shumë stacione me kalimin e kohës nuk ruajtën emrat e tyre, fakt që ka ndodhur edhe me qendra të tjera të kësaj traseje siç është shembulli i Ad Picaria.